1、所属植物不同：辣根是西洋山葵根部制作出来的调料，一般生活中常见的绿芥末就是辣根制作出来的；芥末又称西洋山芋菜、芥辣粉，是芥菜的成熟种子碾磨成的一种辣味调料，一般分黄芥末和绿芥末两种，但真正的只有黄芥末，因为绿芥末是辣根制作而来的，就算市场上有，也大多是经过食用色素染过的。
2、产地不同：辣根原产自欧洲南部和土耳其，在我国种植的少，目前在上海、青岛、黑龙江、辽宁等地有一定的种植；芥末产自中国，在我国东北地区比较常见。
3、价格不同：辣根价格比较便宜，目前市场上的山葵酱(青芥辣)和山葵粉大多因为成本的原因采用辣根制作，它的售价仅为山葵产品价格的五分之一；芥末价格就稍贵些，且大多是经过食用色素染过的。
4、味道不同：辣根吃起来温和，没有芥末刺激；芥末味道辛辣，有一点点苦味，一般很难接受。
5、吃法不同：辣根一般用于烤肉类；芥末一般用来拌菜，比如芥末白菜、芥末白菜和芥末鸡丝等。