1、选择单位时，可以用鼠标左键逐个选中，也可以按住左键拉一个方框，方框内的单位会被选中。
2、如果想要使得选中的单位退出，按住Shift键然后点击已经被选中的单位，或者按住Shift然后点击屏幕下方的选中单位列表。
3、要选择所有同一种类的单位，按住CTRL然后点击想要选择的单位。同样，你可以双击那个种类的任何一个单位。以上方法将会选中现有屏幕中所有的同一种类的单位。
4、如果要将一些部队加入某个编队，先选中这些部队，按Shift+目标组队。
5、如果你要让某个兵种退出选择，按住Shift+CRTL，然后点击兵种中任意一个单位。
6、星际2中，鼠标的右键是用来执行最直接的指令的。如果点在空地上，部队会走向该位置，同时忽略一切来袭，不予以还击。如果右键点击敌方单位，部队会攻击该单位，并在消灭改单位前忽略一切其他因素，直到单位被消灭或者新的指令的下达。如果点击自己单位或者友军单位该单位会跟随友军单位并保护（攻击任何与友军交战的单位）。如果农民点击水晶，气矿，农民回去采矿。如果手中有矿的农民点击基地，农民会送矿回基地，并在此采集同一种类的矿。如果人族农民点击受伤机械单位，农民会开始维修。
7、使用攻击指令（A）,使得被选中的单位向目标方向移动，并与中途敌方单位交战（如果武器不合适，比如对空单位见到地面目标，单位将忽略目标继续前进。）每个单位都有自己的交战半径。也就是说，攻击指令不一定要下达在目标方向。例如，如果一个枪兵对一个农民，你选择枪兵，然后A枪兵后面的地面，如果农民在枪兵的攻击范围内，枪兵会先回头杀死农民，在向点击方向前进。如果攻击指令下达在具体目标上，作用和右键点击一样。
8、集结点（R），星际2与星际1不同。星际1中的部队在出兵点出来后直接走向集结点，途中受到攻击不会还手。而星际2中，（R）指令和（A）指令时一样的，也就是说出兵点出来的兵在到达集结点前，如果被截后援，会自动攻击见到的单位。
9、左键按住单位头像会使得镜头跟随单位。
10、按住鼠标中键（按下滚轮）然后移动鼠标可以直接移动屏幕。