1、清水冲洗：很多人清洗飞机杯的方法是翻开飞机杯清洗，这种方法是错误的，翻转清洗很容易损害飞机杯的入口，导致开裂.下图这种暴力清洗方法是不可取的。正确的做法是将入口稍微扒开，打开水龙头，让流动的水灌进倒模里，直到水从倒模里溢出，让流动的水流自动将里面的污垢冲出来。
2、使用专用清洗液，或是对硅胶、TPE 材质损害较小的偏酸性沐浴乳，反复搓洗。
3、搓揉内壁：用手指搓揉内壁，或者使用柔软的毛刷探进去清洗，觉得没有汁液的粘黏感就代表差不多洗好了。
4、擦拭干净：冲洗干净后，用干布伸进倒模内擦干净，切勿用纸巾擦拭，否则留下纸屑易滋生细菌。（当然市面上也有一种叫卫生棉的可以直接插进去吸湿水分）
5、喷洒爽身粉或专用保护粉，防止出油。飞机杯的保存也是很重要的，要放在空气中晾干，吹风机的冷风吹干;不可以热风吹干，不可以在阳光下晾晒。在干燥阴凉的地方储存。切勿把飞机杯放在有阳光或过热的地方。