1、长度不同
蟒蛇最大全长（3.17+0.386）米。水蚺是现存蛇类中最大的一种，最大能长到10米，初生仔蛇长70-80㎝。
2、繁衍方式不同
蟒蛇属于蟒科，蟒科多是卵生的；每次产卵数8-103枚，卵为白色，孵化55-61天即破壳。
而水蚺属于蚺科，蚺科多是卵胎生的，雌水蟒将受精卵保留在身体内直到孵化，每次可出生10-70多只小水蟒。
3、分布范围不同
蟒蛇是东南亚地区广布的物种，栖居于热带、亚热带低山丛林中，需要常绿阔叶林或常绿阔叶藤本灌木丛，以及良好的洞穴供休息及隐蔽，分布在世界各地，但各分布地区均普遍有所下降。
水蚺生活在南美洲热带地区河流附近及其他水体中。主要分布于世界各地的沼泽地区，其中体型最大的一种-绿森蚺分布于南美洲热带雨林深处，可以解除水来掩护自己。在亚马逊河中也有零星分布。