1、发放形式不同：
央行逆回购形式：是央行向一级交易商购买有价证券；
MLF发放形式：为质押方式，并需提供国债、央行票据、政策性金融债、高等级信用债等优质债券作为合格质押品。
2、主要作用不同：
央行逆回购：向市场释放流动性
MLF作用：发挥中期政策利率的作用，通过调节向金融机构中期融资的成本来对金融机构的资产负债表和市场预期产生影响，引导其向符合国家政策导向的实体经济部门提供低成本资金，促进降低社会融资成本。
3、时间周期不同：
央行逆回购：为短期行为，一般为一天、三天或者七天；
MLF期限：一般比较长，三个月或六个月不等。
4、操作方式不同：
央行逆回购：央行把钱借给商业银行，商业银行把债券质押给央行；
MLF：通过招标方式开展。