1、成分不同，成分不同是玛瑙与水晶的主要区别之一，水晶的主要成分是二氧化硅，它大多为无色透明晶体，但是融入AI、Fe等微量元素时，则会呈现紫色、粉色、茶色、黄色等，玛瑙属于多晶集合体，是由无数个微小的二氧化硅晶体所组成等。
2、色心不同，水晶经辐照微量元素形成不同类型的色心，从而产生多样等颜色，常见等有紫色、黄色、粉色等，玛瑙的颜色多样，以玉髓为例，通常有红、绿、黄、褐色、白色等多种颜色，与水晶存在很大的差异。
3、形成过程不同，天然等水晶需要在自然环境下产生，存在于地壳等深处，通常需要经过火山以及地震等剧烈的地壳运动才能形成，十分的稀有，玛瑙的历史十分久远，地下岩浆在地壳中大量喷出，熔岩冷却后与其他气体形成气泡，后期被冷却融入二氧化硅成分，最后形成玛瑙。