1、物理方法，物理方法主要是指疏挖底泥、机械除藻、引水冲淤和调水等。疏浚污染底泥意味着将污染物从(河道)系统中出 处理去。可以较大程度地削减底泥对上覆水体的污染贡献率，从而改良水质。调水的目的是通过水利设施(如闸门、泵站)的调控引入污染河道上游或附近的清洁水源以改良下游污染河道水质。此类方法往往治标不治本。
2、化学方法，化学方法如混凝沉淀、加入化学药剂杀藻、加入除磷剂推动磷的沉淀、加入氨氮去除剂脱氮等方法。研究表明，这种方法对浊度、COD、SS、TP去除效果较好，对TN、重金属等也有一定的去除效果，日药剂用量少。
3、生态--生物法
（1）河道曝气法，人工曝气复氧是指向处于缺氧(或厌氧)状态的河道进行人工充氧以增强河道的自净能力，改良水质、改良或恢复河道的生态环境。河道曝气复氧一般采用固定式充氧站和移动式充氧平台两种形式。该工艺具有设备简单、机动灵话、安争可靠、投资省、见效快、操作便利、适应性广、对水生生态不产生任何危害等优点，适合于城市景观河道和微污染源水的治理。
（2）生物膜技术，生物膜技术是指使微生物群体附着于某些载体的表面上呈膜状，通过与污水接触，生物膜上的微生物摄取污水中的有机物作为营养吸收并加以同化，从而使污水得到净化。目前，常用于河道污水治理的生物膜技术主要有接触氧化法、生物活性炭填充柱净化法、薄层流法和伏流净化法，用得比较多是接触氧化法。
（3）生物修复技术，生物修复技术是指利用微生物及其他生物，将水体或土壤中的有毒有害污染物质现场降解为CO2和H2O，或转化为无害物质的工程技术系统。用于河道污水治理的生物修复技术主要有两类。一类是直接向污染河道水体投加经过培养筛选的一种或多种微生物菌种，试验证明COD去除率可达90%以上。另一类是向污染河道水体投加微生物促生剂(营养物质)， 推进“土著”微生物的生长。投放药剂后，通过促生作用，推进污染物降解微生物的生长，河道中微生物由厌氧向好氧演替，生物由低等向高等演替，生物的多样性不断增加，使污染水体的BOD5，COD迅速下降，溶解氧明显上升，黑臭处理。这种方法对于处理水体黑臭、增加水体溶解氧作用明显。
（4）土地处理技术，土地处理技术是一种古老、但行之有效的河道污水治理技术。它是以土地为处理设施，利用土壤、植物系统的吸附、过滤及净化作用和自我调控功能，达到某种程度的净化目的。国外的实践经验表明，土地处理系统对于有机化合物尤其是有机氯和氨氮等有较好的去除效果。
（5）水生植物净化法，该方法是充分利用水生植物的自然净化机能的污水净化方法。例如采用浮萍、湿地中的芦苇等在一定的水域范围进行净化处理。但是生活污水的排入会产生臭气、害虫和景观影响等问题，因此选用时要综合考虑上述问题，如选择在春夏季下风口的位置种植芦苇等。