1、肝炎患者由于胃黏膜水肿，小肠绒毛变粗变短，胆汁分泌失调等因素，消化吸收机能大大减弱。而甲鱼含有很丰富的蛋白质，病人食后不仅难以吸收，反而会加重肝脏负担，严重时肝细胞还会大量坏死，血清胆红素剧增，血浆浓度升高，诱发肝昏迷。
2、失眠、孕妇及产后泄泻也不宜食用。虽然它具有滋阴益肾的功效，但是甲鱼性味咸寒，有着较强的通血络、散瘀块作用，因而有一定堕胎之弊，尤其是鳖甲的堕胎之力比鳖肉更强。
3、肠胃功能虚弱、消化不良的人应慎吃。尤其是患有肠胃炎、胃溃疡、胆囊炎等消化系统疾病患者不宜食用。脾胃虚弱的人，更不能多吃，否则往往使入不思饮食，肚腹胀满，甚至引起腹泻。
4、幼儿要少食甲鱼。甲鱼属于高蛋白质滋补品，儿童脾胃娇嫩，在食用时则有可能导致孩子消化不良，加重脾胃的负担，因此要少食。