1、一方面，慈禧太后只有争权夺利的野心，却没有强军治国的本领。后宫干政在历史上一直是大忌，之前光绪乖乖听话做傀儡之时，自己垂帘听政已经引起了诸多大臣不满了。要是直接废掉光绪皇帝之位，自己直接掌管朝政肯定是行不通。
2、另一方面，光绪曾在维新期间鼓励报刊勇敢揭露时弊，当时的局势报刊大都支持维新派，反对慈禧。罢黜消息一传出来，一时间引发了大规模的抗议活动。
3、列强的反对，是慈禧不敢杀掉光绪的一个重要原因。当时的清政府外强中干，一切事务都由洋人说了算。罢黜光绪皇帝之位，列强显然是不同意的。戊戌变法期间，西方各国都支持光绪。他们需要光绪皇帝建立一个更开明的政府来保障自己的利益。