1、发生环境不同。水华：指淡水水体中藻类大量繁殖的一种自然生态现象；赤潮：是海洋生态系统中的一种异常现象。
2、诱发因素不同。水华：是水体富营养化的一种特征，主要由于生活及工农业生产中含有大量氮、磷的废污水进入水体后，蓝藻（严格意义上应称为蓝细菌）、绿藻、硅藻等藻类成为水体中的优势种群，大量繁殖后使水体呈现蓝色或绿色的一种现象。也有部分的水华现象是由浮游动物——腰鞭毛虫引起的；赤潮：赤潮是水体中某些微小的浮游植物、原生动物或细菌，在一定的环境条件下突发性地增殖和聚集，引起一定范围内一段时间中水体变色现象。
3、预防措施不同。水华：打捞。在夏季高温季节，可将水面或港湾中大量堆积的水华通过人工或机械的方式打捞出来，进行处置上；絮凝除藻。可通过黏土絮凝来控制有害藻华；生物控藻。可以通过放养滤食性鱼类——鲢、鳙来控制蓝藻水华，也称之为非经典生物操纵技术；赤潮：应重视对城市污水和工业污水的处理，提高污水净化率。合理开发海水养殖业。