1、杀虫剂。杀虫剂可杀死黑菌虫、苍蝇、蚊子等，但杀虫剂含有毒性，喷杀虫剂后，人要离开室内。
2、控制源头。勤清理垃圾，如有水的地方要保持卫生清洁，且保持室内通风、干燥，避免潮湿，因黑菌虫喜欢出现在阴暗潮湿和夹尘杂物处。
3、用氯化苦、二氯乙烯药剂熏蒸。将适量的氯化苦、二氯乙烯药剂放入熏蒸炉中，将熏蒸炉放在室内熏蒸，能有效驱赶黑菌虫。黑菌虫是昆虫纲，鞘翅目，拟步甲科的一种仓库害虫。寄主有棉花、木材、黄麻、木香、生药材、枣类、玉米、可可豆、茯毛、绿豆、芝麻等。危害粮食及其加工品、干果、可可、椰子、豆蔻等，又能食虫尸、虫粪及腐败夹杂物，食性十分复杂。黑菌虫分布在世界各国，我国除青海、西藏外，各省区均有发现。在东北常与黑粉虫、黄粉虫、小菌虫同时大量聚集危害，成虫或幼虫常聚集在仓库的阴暗壁角、砖石、木板下、尘芥杂物中或粮食碎屑内越冬。成虫有群栖性、趋光性、假死性、同类残杀性，能飞善爬、喜食虫尸的特征，能抗饥11～24日，喜食潮湿谷物。寿命在高温潮湿条件下可达1年，通常为2～3个月。