1、指代不同：公费国家为优秀生免去学费的一种奖励机制，自付指公办专科学校按统一招收要求录用并由自己交纳培养费，学费。
2、学生就业不同：公费生毕业之后包分派，自费生毕业之后不包分配。
3、方法不同：公费规章制度逐渐淡化，有被学业奖学金取代的趋势。自付由高等学校依照国家定编年度招生计划的规定单独编列。
4、招收自费生计划是国家招生计划的一部分。国家在核准的各地区.各单位招收总金额中明确招收自费生的比例，由高等学校依照国家定编年度招生计划的规定单独编列，申报主管机构汇总平衡，列入年度招生计划和招生数计划，经准许后执行。
5、各单位，地区，高等学校可以根据详细情况少招或不招，但未经国家教育局，国家计委准许均不得在国家核准的招收总金额之外私自增加自费生招生人数。地方院校不得跨地区招收自费生。