1、引起肛肠疾患。便秘时，排便困难，粪便干燥，可直接引起或加强肛门直肠疾患。如直肠炎、肛裂、痔等。
2、胃肠神经功能紊乱。便秘时，粪便潴留，有害物质吸收可引起胃肠神经功能紊乱而致食欲不振，腹部胀满，嗳气，口苦，肛门排气多等表现。
3、形成粪便溃疡。较硬的粪块压迫肠腔使肠腔狭窄及盆腔周围结构，阻碍了结肠扩张，使直肠或结肠受压而形成粪便溃疡，严重者可引起肠穿孔。
4、患结肠道恶变。可能是因便秘而使肠内致恶变物长时间不能排除所致，据资料表明，严重便秘者约10%患结肠道恶变。
5、诱发心、脑血管疾病发作。临床上关于因便秘而用力增加腹压，屏气使劲排便造成的心、脑血管疾病发作有逐年增多趋势。如诱发心绞痛，心肌梗塞发作，脑出血，中风猝死等。