1、原则不同
获得高校自主招生认定资格的考生仍要参加高考，在录取时可享受一定条件的优惠。根据教育部有关规定，入选考生高考总分原则上不应低于考生所在省(自治区、直辖市)有关高校同批次同科类录取控制分数线。
2、目标不同
“学科特长和创新潜质”是关于自主招生的文件中提到最多的词语。这正是自主招生选拔目标学生所具备的特点，你可能认为它的直接证明就是各种竞赛奖项等。
3、选拔方式不同
“首先报名然后准备申请材料通过初审，再参加笔试面试，最后才能拿到加分。”这就是自主招生选拔学生的方式。
4、名额分配不同
在高考志愿填报中每所高校的招生计划都是严格规定好的，即一所高校在某个省份的招生名额是提前计划好的，任何增加或者减少名额的情况，都需要非常繁琐而严格的程序。而自主招生则不同。首先，参与自主招生的90余所高校的招生名额分配权归每所高校所有，具体人数为该校招生计划的5%左右。其次，这些名额不针对某个省份，而是面向全国考生的，只要符合条件都可以提出申请，通过高校考核就可以拿到高校20-60分不等的加分，甚至降至一本线录取的优惠。
5、招生院校不同
试点高校自主招生2003年启动，目前招生高校有90所，招生人数约占试点高校招生总数的5%，其中，北京工 业大学、 黑龙江大学、上海大学等13所高校只面向本省考生自主招生。2014年选拔录取了2.3万人。这90所自主招生试点高校中，有些面向全国招生，有些只在本省(市)招生。而2016年参加本省高职自主招生的院校，大都是本省的院校。