EM菌在水产养殖中有着普通药物不可替代的作用，为了降低养殖成本，我们可以在池塘边自己配制EM菌。
1、首先，准备一个容量1000公斤且下边带有水龙头的白色塑料桶（两个可装500公斤的塑料桶也可），然后用井水将塑料桶内壁冲洗干净晾干待用，晾干后的塑料桶放在合适方便的地方，底部用砖块垫稳、垫牢。桶内加入四分之三的井水，放置24小时后等待加入EM菌种和培养基。
2、将准备好的60斤红糖加入桶内充分溶解、搅匀，然后加入专用培养基，搅拌20分钟后加入菌种，再次搅拌10分钟盖上盖子让其自然发酵。
3、加入菌种后的第1~3天，每天早上7时左右，拧开盖子放气20分钟，同时用棍子搅拌发酵中的菌液15~20分钟，然后拧紧盖子让菌液继续发酵。第4~7天每天早上7时左右和下午3时左右各拧开盖子放气20分钟，同时用棍子搅拌发酵中的菌液15~20分钟，然后拧紧盖子让菌液继续发酵。
4、第四天开始检测pH值，达3.8以下完成培育，未达到继续培育，合格后密封保存或使用。培育中产生悬浮物是正常现象，一般温度高容易产生。如果温度偏低，培育的EM气体将减少。培育成功菌液可发出酸甜的酒香味，菌液表层有一层菌斑是正常现象。培育中有异味是很正常的，如pH检测合格可透气两天，如果异味还很严重，有可能是培育失败了。