1、公仓鼠，公仓鼠的屁股又大又圆，肛门也是又长又大，香腺比较明显，生殖器和肛门距离较远，而且睾丸的轮廓能看到，特别是夏天清晰可见；其次是母仓鼠，母仓鼠的屁股呈倒三角，较公仓鼠更圆润而饱满，肛门而且紧闭，香腺不明显，双侧乳房，生殖器和肛门距离很近，中间能看到一条缝。
2、生殖器与肛门的距离，生殖器和肛门距离远的就是小公鼠，这两者之间还会有毛。如果你仔细观察还会发现，公仓鼠的臀部一般比较大，又红又肿。另外一个很明显的区别就是生殖器了，公的仓鼠都有很大的蛋蛋（睾丸），20几天大的时候就能明显看见公鼠的睾丸了，黄金鼠、沙鼠、通心粉鼠会非常明显，枫叶鼠就比较不明显了。
3、殖器和肛门之间距离近且没有毛的就是母鼠了，当然母鼠也会有生殖器，但是明显看出来没有像睾丸那么凸起，也能看出是母鼠，并且能看到有乳头。母仓鼠的臀部一般呈倒三角形，肛门小而闭拢，个别还可以看到有圆状物体；雌性哺乳动物一般都会来“大姨妈”，母仓鼠也不例外，分辨母仓鼠还可以看它是否来“大姨妈”，但是母仓鼠姨妈量很少，一般只有一块木屑那么大点的血迹，需要细心观察。