1、反渗透净水机的出水过于纯净，人体常年饮用反渗透水易造成体内矿物质流失，尤其是人体钙离子流失，导致骨质疏松。不过这也是不必担心的，生活中可从食物中补取的。
2、反渗透净水机一般经过五级过滤：5微米PP棉、活性炭过滤、1微米PP棉、反渗透膜、T33(活性炭柱)，反渗透膜依据水质情况要定期更换，一般可用1-2年，反渗透膜前3级过滤材料需要经常更换，一般为3-6个月。
3、废水量大，同时需要用电，而且安装相对复杂麻烦，由于纯水机采用多级过滤方式，所以辅助滤芯更换频繁，造成成本升高的同时，也容易滋生二次污染的隐患。反渗透净水机要用到水泵，需要通电，有电气安全问题，接头多，水压高，故障率及漏水概率相对较高，结构复杂，价格成本较高。