1、药剂消毒法在播种前后将药剂施入土壤中，目的是防止种子带菌和土传病害的蔓延。主要施药方法如下：喷淋或浇灌法：将药剂用清水稀释成一定浓度，用喷雾器喷淋于土壤表层，或直接灌到土壤中，使药液渗入土壤深层，杀死土中病菌。喷淋施药处理土壤适用于大田、育苗营养土等。常用消毒剂有绿亨1号、绿亨2号等，防治苗期病害，效果显著。
2、硫黄消毒法：将硝石灰、硫黄、锯末充分拌匀，具体用量硝石灰100千克/公顷、硫黄2～3千克/公顷、锯末500～750千克/公顷，均匀撒在土壤表面，用铁锹或钉耙深翻混合，再用大水灌透，覆盖塑料薄膜，并将薄膜四周用土压实盖严，保持10天左右。此法最好在夏季使用，有利于提高土壤温度，达到充分杀灭土壤中病虫的目的。
3、物理消毒法1）太阳能消毒：方法是在温室或田间作物采收后，连根拔除田间老株，多施有机肥料，然后把地翻平整好，在7～8月份，气温达35℃以上时，用透明吸热薄膜覆盖好，土壤温度可升至50～60℃，密闭15～20天，可杀死土壤中的各种病菌。这一方法大都在我国北方地区连年种植草莓、西瓜、花卉的大棚温室里应用。近年南方设施西瓜大棚内也用此法消毒，灌水后还能起到洗盐的作用。
4、蒸汽热消毒：是用蒸汽锅炉加热，通过导管把蒸汽热能送到土壤中，使土壤温度升高，杀死病原菌，以达到防治土传病害的目的。这种消毒方法要求设备比较复杂，只适合经济价值较高的作物及苗床上小面积施用。
5、火烧消毒：在露地苗床上，将干柴草平铺在床面上点燃，这样不但可消灭表土中的病菌、害虫和虫卵，翻耕后还能增加部分钾肥。
6、此外，还有毒土法、氰氨化钙土壤处理、溴甲烷土壤处理等消毒方法，可根据实际种植的种类、具体栽培条件进行合理选择。