1、古代书院的“一把手”不叫“院长”，多称“山长”、“洞主”。这是因为古代书院多建在环境优美、景色宜人的山上，喜欢与道观、寺庙为邻。宋代以后，书院成了古代中国读书人心目中的学术圣地。而成就书院这一崇高地位的，是其办学理念。
2、书院与官学的办学理念和模式完全不同，不设门户，完全开放，讲学自由。学生的培养目标不是政治精英，而是学术精英。书院刻意与官学保持一定的距离，教授保持独立的学术品德，学生尊崇独立的自学精神。
3、书院实行“山长负责制”，山长相当于如今的大学校长，虽然没有行政级别，但山长有绝对的权力和权威，既是书院最高行政领导，也是首席教学主管和“学术带头人”。
4、山长始终把教学放在第一位，参与一线教学工作。如程颢、程颐、司马光、范仲淹、朱熹、张栻等名儒大师，在主持书院日常教学时都是亲自进课堂给学生授课。
5、日常教学中，山长授课一般放在每月的一、三、六、八日。书院一般每月有三次课试，从出题到评阅，均由山长负责。兴办于南宋淳祐元年（公元1241年）的建康（今南京）明道书院即规定：“每旬山长入堂，会集职事生员授讲、签讲、覆讲如规，三、八讲经，一、六讲史，并书于讲簿。每月三课，上旬经疑，中旬史疑，下旬举业。”
6、北宋教育家范仲淹当年在应天书院执教时就曾“勤劳恭谨，以身先之”，据《范文正公集·言行拾遗事录》记载，范仲淹“出题使诸生作赋，必先自为之，欲知其难易及所当用意，亦使学者准以为法”。
7、给学生出试题作文，自己先做一篇，范仲淹由此名气远播，“四方从学者辐辏”。
8、书院招生不设门槛无户籍限制，明代文昌书院学子“不需一束均得入院肄业”古代书院最大的特点之一是其平民教育情怀，即便如元明清时期好多书院改为“官办”，这种情怀也没有改变。
9、书院从诞生那天起，便向社会下层和民间士子开放。书院招生不设门槛，入学无户籍限制，只要有志于学业的，不分贫富，不论地域，均可入学，即孔子所提倡的“有教无类”。如四川文昌书院的“招生简章”（文昌书院记）中便有这样的说法：“凡越隽生童，不需一束，均得入院肄业，按月观课。捐廉奖赏，作育人材，大公无类。”
10、“大公无类”一直是书院的办学准则，也是“有教无类”办学理念的升华。虽然招生不设门槛，但入学要求还是有的，名气较大的书院，因为报名的人多，“招生标准”也很严格，文化水平和自身素质都相对较高。考核包括学业在内的综合素质测试，光学习好还不行。如白鹿洞书院，一度要求入学者是举人，朱熹的《招举人入书院状》可以为证。