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区室，指的是有界膜的细胞器，例如内质网，线粒体，叶绿体，高尔基体和过氧化物酶体等。
从细胞生物学角度，对细胞而言，绝大多数代谢途径都局限于细胞内的特定区域，也称为代谢途径的区室化。
而在发育遗传学上，区室是一个非形态学的概念，由具有相同发育潜能、相对独立的细胞群体构成。即为发育过程中，节中的相对独立的区域。