1、修建背景不同：
（1）京杭大运河：京杭大运河始建于春秋时期。春秋战国时期开凿运河基本都是为了征服他国的军事行动服务的。例如吴王夫差命人开凿邗沟的直接目的是为了运送军队北伐齐国，公元前360年魏惠王开凿的鸿沟，基本都是为了征服他国的军事行动服务的。
（2）隋朝大运河：开凿南北纵向的人工河促进文化交流利用自然水源、修筑人工运河、灌溉农田和进行运输，大运河的开凿主要是为了当政者便于巩固和发展自己的政权，而军事行动和经济开拓则是最直接的目的。
2、地理位置不同：
（1）京杭大运河：大运河南起余杭（今杭州），北到涿郡（今北京），途经今浙江、江苏、山东、河北四省及天津、北京两市，贯通海河、黄河、淮河、长江、钱塘江五大水系，全长约1797公里。
（2）隋朝大运河：隋唐大运河以洛阳为中心，北至涿郡（今北京），南至余杭（今杭州）。后代通过浙东运河延伸至会稽（今绍兴）、宁波。
3、建造意义不同：
（1）京杭大运河：运河成为真正意义上的南北交通要道，商运繁盛，运河两岸兴起数十座商业城镇，对古代经济的贡献无法估量。
（2）隋朝大运河：加强了中国南北的沟通，大运河把南北用水道连起来，组成水网，把几大自然水系（长江、淮河、黄河、海河、钱塘江）变成一个大水系。促进沿河城市的繁荣，大运河促进了沿线城市扬州、杭州、西安、洛阳、开封的发展。