1、内涵不同：政府部门、行政单位是国家机关，而事业单位是实施政府某项公益服务的部门，是社会服务组织。
2、担负的职责不同：政府部门、行政单位是负责对国家各项行政事务进行组织、管理和指挥；而事业单位是为了社会的公益目的从事教育、文化、卫生、科技等活动。
3、编制和工资待遇的来源不同：国家部门、行政单位使用行政编制、由国家行政经费负担。事业单位使用事业编制，由国家事业经费负担。事业单位由全额拨款的，有部分拨款的，还有事业单位企业化管理的。行政单位人员的工资按《公务员法》由国家负担，而事业单位则根据不同的管理模式实行不同的待遇。 行政单位或事业单位根据根据工作性质，也有具有行政事业编制的非公务员的人就职，一般是从事后勤保障的工勤人员，他们的待遇除职权不同外，收入和公务员完全一致。