光绪皇帝的死因有多种说法：
1、慈禧即将归西天，不愿意在他死后，派人毒死了光绪帝。主要依据有清末给光绪看病的名医屈桂庭他的忆录中说：“光绪在临死前三天，在床上不停地翻滚，并且不停地大叫，‘肚子疼得不得了。’脸色发暗，舌头又黄又黑，明显是中毒症状。”
根据这种说法，光绪是被毒死的，最大的嫌疑人是慈禧太后，因为她是当时最厉害、又严控光绪帝的、最好下毒、最可能下毒的人。
2、袁世凯见慈禧一病难起，怕慈禧死后，光绪掌握实利，自已在戊戌变法出卖皇帝的行为，于是贿赂宫廷宦官，用剧毒药物害死光绪帝。这种说法的依据是清朝最后一个皇帝溥仪的说法，溥仪说：“我亲耳听到一个侍候光绪帝的老太监讲：光绪帝死前一天，只是用了一剂药，才变坏的。过后才发现这剂药是袁世凯送的。
3、太监李莲英得悉光绪帝的日记中载有西太后死后将诛袁世凯和他的消息，与慈禧一起阴谋将毒药投入光绪帝的食物中致使光绪帝中毒身亡。
4、这几年有学者根据光绪帝生前的病历，结合当时的历史背景和现代中医学理论，推断是光绪帝因为严重肺结核病加上其它并发症，导致死亡的。
5、光绪帝有严重的肾亏，加上光绪帝从小身体虚弱，从几岁起就受慈禧的施压，长期处在紧张之中，又在做皇帝时更是经历一连串的挫折和打击，病情逐渐加重，引起一系列呼吸、消化、等并发病症，最后病亡。这一说法主要依据是光绪生前的病历和光绪生前自已的一段往忆。