1、医疗保险参保人员的报销程序如下：持新型农村合作医疗证书的参保农民在指定机构门诊就诊，直接到指定医疗机构就诊。根据《新型农村合作医疗制度证书》家庭门诊账户的现有金额，减免医疗费用，超出部分由参合农民自己支付。定点医疗机构应当及时向农业医疗机构结算。
2、参加农民在市、县、乡指定的医疗机构就医的，由指定的医疗机构直接给予补偿。对指定医疗机构发生的医疗费用，应当进行审查，并按照实施办法规定的标准预缴补助金额。
3、参加省定点医疗机构和非定点医疗机构住院的农民，由乡镇农业医疗机构给予补偿。住院医疗费用由乡（镇）农业医疗机构一次性报销2000元以下（含2000元）。报销金额必须经乡（镇）农业医疗机构2000元以上审批或者县农业卫生局批准方可报销。
4、申领补偿时，需带身份证、户口本、《新农合证》(此三证原件审核后复印存底)医疗机构的有效住院*、出院小结(或病历)、费用清单和转诊证明。
5、患门诊大病(慢性病)的参合农民在规定时间(一般在每年7月和12月份)，需带身份证、户口本、《新农合证》、门诊*及清单、门诊病历、检查报告、二级甲等以上医院或专科医院的门诊大病(慢性病)证明到乡(镇)农医所办理。
6、对已参加了商业保险的参合农民和参加了学生医疗保险的在校学生，出院后既要商业保险赔付又要新农合补偿时，参合农民应先将住院*原件和*复印件先交农医所或县级定点医疗机构核对后予以补偿，再将住院*原件到商业保险公司赔付。*复印件由农医所或县级定点医疗机构保存，但外伤病人只能原件报销(学生除外)。
7、住院费用在出院后三个月内结算，超过三个月的，免予赔偿。按照实施办法，农业医疗机构应当在10个工作日内向参合农民支付标准补偿金。