1、电子银行承兑汇票通过电子化的手段完成票据流转，电子银行承兑汇票背书人通过网上银行、银行柜台或其他电子终端登录，录入背书申请信息（包括票据信息、背书人信息、被背书人信息），使用背书人的数字证书加盖电子签名。
2、电子银行承兑汇票背书背书流转，在被背书人发起回复之前，背书人和被背书人均可操作票据，背书人可撤销背书申请，被背书人可回复（签收或驳回）背书申请。此时，系统按照时间优先的原则进行处理：如背书人先撤销背书申请，则该背书申请已撤销，被背书人不能再进行背书回复操作。
3、如被背书人先发起背书回复，则该背书申请按照被背书人的意思已签收或驳回，电子银行承兑背书人不能再撤销该背书申请。 电子银行承兑背书应当基于真实、合法的交易关系和债权债务关系，或以税收、继承、捐赠、股利分配等合法行为为基础。
4、电子银行承兑汇票背书必须记载下列事项：
（1）被背书人名称；
（2）背书人名称；
（3）背书人签章。
（4）背书日期。
5、在电子银行承兑出票人或背书人汇票上记载了“不得转让”事项的，电子商业汇票不得继续背书。票据在提示付款期后，不得进行转让背书。
需要注意地是，电子银行承兑汇票背书背书流转，在被背书人发起回复之前，背书人和被背书人均可操作票据，背书人可撤销背书申请，被背书人可回复（签收或驳回）背书申请。