1、干燥贮藏：油菜籽收获后应抓紧晴天及时干燥降水，一般以日晒为主，烘干为辅，干燥后必须冷凉后方可入仓。干燥过程中应同时进行整理除杂，以减少带菌多的灰尘杂物，减轻发热霉变程度。贮藏时要根据加工的要求和油菜籽的具体情况合理堆存：若含水在10%以下符合加工榨油要求的可矮堆2.5m高，可以存放到夏季高温前；若需较长时期保藏，水分应降至8%以下矮堆或包装堆存，供陆续加工榨油；若水分含量为10%-13%，则达不到加工要求，一般只能保存1-3周，应在晴天及时出晒，把水分降到10%以下才能加工和保藏：若水分达13%以上则随时都有发热霉变的危险，应立即采取措施降低水分含量。
2、密封缺氧药剂保藏：油菜籽新收获时含水量高，若遇阴雨天无法干燥时可采用该方法进行短期保藏。方法是：用塑料薄膜严密封闭，2-3周内可自然降氧，积累二氧化碳抑制菜籽本身和微生物的呼吸，从而达到保鲜目的。用磷化铝片剂按9-12g/立方米标准进行熏蒸，可以杀死和抑制霉菌，防止油菜籽发热和出芽。注意该方法对油菜籽品质有一定影响，如出油率降低，酸价增高等。