1、堆藏。南瓜选好后可直接堆放在室内，堆放前在地面上先铺一层细沙、麦秸或稻草，再在上面堆放南瓜，堆放时要留出通道，以便检查。南瓜摆放的方向和生长时的状态相同，可将瓜蒂朝里，瓜顶向外逐个依次堆放成圆堆，每堆15～25个，高度以5～6个瓜高为好，也可装筐堆藏，每筐不宜装得太满，离筐口应留有1个瓜的距离，以利通风和避免挤压。瓜筐堆放可采用骑马式，以3～4个筐高为宜。 贮藏前期，外界气温较高，要注意通风换气，降温排湿，可在晚上打开窗口通风换气，白天关闭遮阳，避免日光直接照射。室内空气要新鲜干燥，并保持凉爽。贮藏后期外界气温较低时，特别是到了严寒冬季，要注意防寒，温度应保持在0℃以上。
2、架藏。架藏的仓位选择、质量挑选、降温、防寒和通风等要求与堆藏相同。所不同的就是在仓库内用木、竹或铁搭成分层贮藏架，铺上草包，将瓜堆在架上，或用板条箱衬垫一层麦秸后，将瓜放叠成一定的形式进行贮藏。这种方法通风散热效果优于堆藏，仓位容量也比堆藏大，观测、检查也较方便。目前多采用此法贮藏南瓜。
3、窖藏。窖藏的南瓜宜选用主蔓上第2个瓜，根瓜不宜作贮藏用。生育期间最好不使瓜直接着地，并要防止阳光暴晒。采收时谨防机械损伤，特别要禁止滚动、抛掷，否则内瓤震动受伤易导致腐烂。南瓜采收后宜在24～27℃下放置2周，使瓜皮硬化有利于贮藏，这对成熟度较差的瓜尤为重要。