1、香菇，味道重，比较适合烧、油焖，比如在热油里放入葱姜，翻炒3分钟左右，或者在清蒸鱼里面配香菇。草菇主要是爆炒，在爆炒过程中，维生素C等不容易被破坏，而且草菇口感很好，适于做汤或素炒。金针菇味道鲜美，是拌凉菜和火锅配料的上选。口蘑味道较清淡，煲汤最好。味道甜的茶树菇、杏鲍菇、袖珍菇等最适合炒制。猴头菇宜用高温、旺火烧煮。但总的来说，菌类最好还是以清炒或清炖方法为主，才不失蘑菇的原汁原味。
2、与其他食材巧妙搭配，蘑菇还具有不同的疗效。香菇、金针菇、平菇可炖肉或炖鸡吃，能够益气补气，增加抵抗力；做松蘑、猴头菇时，不妨放一点肉烧汤喝，不仅味道鲜美，还能起到抗衰老、延年益寿的作用。金针菇炖鲫鱼可以健脑；竹荪具有防腐功效，炖肉时如果怕吃不完，可以放一点竹荪，放在冰箱里不会变坏。
3、此外，做菜时，尽可能把蘑菇切得小一点，因为它的纤维素不仅不好消化，而且还会影响消化液进入其他食物。
4、蘑菇身上的不同部位，营养含量也不同。对香菇等硬柄的菌类来说，菌盖比菌柄营养丰富，最适于食用的是新鲜的较幼嫩的蘑菇子实体。
5、菌盖营养含量最高，而且比较嫩滑，口感好，而到末端的时候营养成分逐步减少，另外，根部也比较难烹制，所以一般把根最末端的部分剪掉，这是最理想的吃法。
6、要注意的是，蘑菇就像海绵，可以吸水。因此不要长时间浸泡。在泡干菇的时候，可不停晃动水，能让它发得更快。
不宜食用人群：
7、痛风患者：痛风病人不宜吃香菇主要是因为香菇中含有较多的嘌呤。体内尿酸水平升高导致尿酸盐在关节和肾脏沉积是引起痛风的本质原因，而人体内尿酸的来源大部分取决于嘌呤，因此，痛风病人要控制嘌呤的摄入。
8、脾胃虚弱的人：香菇中的膳食纤维含量十分丰富，尤其是香菇柄，对正常人来说适量食用香菇可刺激肠道蠕动，促进排便，还能抑制脂肪吸收，帮助减肥。但是，膳食纤维很难消化，肠胃虚弱、消化能力不好的人要少吃香菇，否则会加重肠胃负担。
9、皮肤病患者：香菇是动风的发物，《随息居饮食谱》中是这样提到香菇的“痧痘后，产后，病后忌之，性能动风故也”，患有顽固性皮肤瘙痒以及容易过敏的人不适合吃香菇，否则可能导致旧疾复发或加重病情。
10、老人和小孩不宜多吃：香菇比较难消化，吃的时候需要仔细咀嚼，老人牙口不好，可能没有充分咀嚼就吞下去了，容易引起消化不良。小孩子咀嚼和消化功能发育得还不完善，吃太多香菇也不好消化。