1、科目不同。艾草是菊科、蒿属植物，多年生草本或略成半灌木状；益母草是唇形科母草属益母草种植物，一年或二年生草本。
2、外形不同。艾草有浓烈香气，主根粗长，侧根多，靠近根部的茎稍木质化，单叶，互生，叶片上面暗绿色，密布白色小腺点，有白毛，下面灰绿色；益母草有倒向糙伏毛，靠近基部无毛，叶轮廓变化很大，茎下部叶为卵形，基部宽楔形，叶片上面绿色，下面淡绿色。
3、范围不同。两者在中国除去高寒地区几乎各地都有。艾草分布于蒙古、俄罗斯；益母草产于俄罗斯，日本，热带亚洲，还有非洲，以及美洲各地。
4、价值不同。艾草味辛苦、凉，可以兴奋动物子宫；而益母草也有改善身体体寒的作用。