1、营养的区别。土鸡蛋的鸡是自然散养的，脂肪量会略高于普通鸡蛋，包括具有养生作用的不饱和脂肪酸和磷脂；普通鸡蛋的鸡是通过饲料养殖的，饲料是进行了科学的配比还添加了膳食纤维，所以胆固醇和脂肪含量略低。而在鸡蛋蛋白质的差异上，土鸡蛋会略高，总的来说，两种鸡蛋的营养各有千秋，但是差异不大。
2、味道的区别。土鸡蛋由于其的产生周期长、水分少、脂肪含量高，所以真正的土鸡蛋蛋黄会比普通鸡蛋的黄，而且味道更香，蛋腥味低。不过土鸡蛋的产量低，单价高，在市场上大量售卖的土鸡蛋也不是真正意义上的土鸡蛋，但是如果没有人提醒，一般也无法辨别。
3、安全性的区别。土鸡蛋多为农家饲养的土鸡所生，然而土鸡所处的生长环境、所食何物和病情都无法预知，容易诱发食品安全问题；而普通鸡蛋是养鸡场饲养的鸡所生，这些鸡一般都注射过疫苗，在食品安全上相对放心，所以不同鸡蛋的安全性更好。