1、花果期不同，番木瓜和木瓜的花果期有所不同，番木瓜全年都可以开花结果，花果期相对较长，产量大，但番木瓜目前只在我国广西地区盛产，而木瓜一般只在四月开花，十月结果，一年收一季，产量较低。
2、叶片花型不同，番木瓜和木瓜的叶片花型有区别。番木瓜的叶片较大，整体形状为近盾形，边缘有羽裂状的纹路，并且叶片双边颜色有深浅区分，花朵为白色，而木瓜的叶片较小，大多为椭圆形或者卵形，叶片边缘呈现锯齿状，花朵为粉色。
3、果实外观不同，番木瓜和木瓜的果实也有所不同。番木瓜成熟后的果实是橙黄椭圆状，果实中籽粒的分布没有规律，切开后种子聚集堆放，而木瓜的果实呈现椭圆形，颜色为深黄色，果实中的籽粒排列比较均匀，横切开种子分布在5室。