1、盐水浸泡保存。新鲜的金针菇可将根部剪掉后，在淡盐水中浸泡10分钟，沥干后再冰箱冷藏保存，这样可以保存一周左右。
2、真空冰箱冷藏。买回时的金针菇如果是真空包装又不会立即食用的话，可以直接放入冰箱冷藏保存，可以保存3~4天。如果是真空包装打开过的还剩一些金针菇需要保存，则可以用原包装包好以后，在真空包装表面，戳几个小洞，以保持空气流通。
3、散装吸水保鲜。如果买回来的是散装金针菇，可以把金针菇先放在纸巾上吸掉多余水分，然后用保鲜膜包裹后放入拉链袋密封、冷藏保存。散装金针菇也可以用报纸包好以后放入冰箱的保鲜柜中保存。报纸的透气性更好，而保鲜柜可以防止金针菇水分过度蒸发，用此法可以保鲜1个星期左右。
4、塑膜真空包装。塑膜真空包装，采用聚丙烯塑料膜包装，用高频抽气机密封，低温保藏，在1℃环境中可保鲜20天，7~8℃保鲜10天。
5、晒干法。将鲜菇置烈日下曝晒。为加快干燥速度，可先将鲜菇放在开水中烫3分钟到5分钟后再晒干，然后用塑料袋包装保存。
6、烘干法。在烘箱或烤房中把金针菇烘干。此种方法能使金针菇保存30天左右。
7、冷热交替泡再冷藏。用热水烫一下,在放在冷水里泡凉,然后再冷藏,可以保持原有的风味，0℃左右约可储存10天。金针菇是适合低温生长的一种菌类，在温度较低的情况下保存的时间会长一些。
8、化学保鲜法。采用对人畜安全，无毒的化学物质用于浸泡或喷洒在金针菇表面，以达到延长金针菇新鲜的目的。可用于金针菇保鲜的化学物质有：焦亚硫酸钠、氯化钠、稀盐酸、高浓度的二氧化碳、保鲜剂、抗坏血酸及比久等。