1、保存土蜂蜜首先要选择品质上乘的容器材质，虽然蜂蜜不管保存多久都不会变质，但是保存蜂蜜的容器材质很重要，容易使蜂蜜的营养价值遭到破坏。因为土蜂蜜是一种弱酸性液体，能与金属起化学反应，与金属接触时，容易引起氧化反应，析出铁、铅、锌等金属离子，使蜂蜜变色呈黑色，其营养价值也会因长期接触金属容器遭到破坏，因此，保存蜂蜜最好避免铁器等金属容器，最好选用食用玻璃瓶、塑料瓶、陶瓷等。
2、土蜂蜜的存储条件也很重要，蜂蜜保存宜放在低温避光处，注意避免太阳直射，避免空气湿度超过75％的环境中。蜂蜜最好存放在干燥、清洁、通风、温度保持在5～10℃处。其实蜂蜜不一定放冰箱里保存，常温阴凉避光就行。蜂蜜中的葡萄糖和果糖，可以吸收空气中的水分，结果变得稀薄，容易发酵变质。因此，蜂蜜要放在干燥处，并加盖保存。另外，蜂蜜中含有多种酶和维生素，酶和维生素见光会分解，因此最好避光保存。
3、土蜂蜜在贮存过程中还应防止串味、及湿、发酵、污染等，土蜂蜜在保存时要避免与有异味物品（如汽油、酒精、大蒜等）腐蚀性的物品（如化肥、农药、石灰、碱、硝等）或不卫生的物品（如废品、畜产品等同储存）或其他异味重的食物放在一起保存，以免影响土蜂蜜的口感和污染。
4、因土蜂蜜中含有葡萄糖及果糖，能够吸收空气中的水分，吸收过多的水分之后就容易发酵变质，所以，贮存蜂蜜要注意密封保存，给蜂蜜上盖子的时候，盖子要盖紧盖严，防止空气中的水分进入影响浓度，一旦浓度下降很容易引起发酵变质。所以，贮存蜂蜜盖严，防止漏气，减少与空气接触，这样能使蜂蜜保存长久。对于一般家里吃的蜂蜜，一般来说都是罐装的，吃一点倒出来一点，然后盖上盖子封存，这种盖子并没有什么有效的密封措施，空气和细菌都容易进入，所以在每次吃完先盖上盖子，然后用保鲜膜裹住瓶口即可加蜜即可。