1、选用良种：选用红肉网纹甜瓜、白雪公主、随州大白甜瓜等抗(耐)病品种和伊利沙白、红甘露、新蜜杂7号、巴的、黄旦子、绿珍珠等早熟品种。同时，与非瓜类作物进行5年以上轮作，最好是水旱轮作。
2、土壤调剂：施用酵素菌沤制的堆肥或充分腐熟的有机肥或在土壤中添加0.5%的s-H添加剂(稻壳、蔗渣、虾壳粉等加尿素、过磷酸钙、硝酸钾制成)可减少枯萎病发生。对酸性土壤应施用消石灰，每亩100～150千克把土壤pH调到中性。
3、种子消毒：浸种可用40%福尔马林150倍液浸种30分钟，捞出后用清水冲洗干净再催芽播种，也可用50%甲基硫菌灵或多菌灵可湿性粉剂浸种30～40分钟。用种子重量0.2～0.3%的40%拌种双粉荆或50%多菌灵可湿性粉剂拌种。
4、药物防治：采用营养钵育苗，移栽时用双多悬浮剂(西瓜重茬剂)和神奇不朽300～350倍液灌穴，每穴0.5千克，每亩用药1千克。对直播的在播种和甜瓜5～6片真叶时分别灌双多悬浮剂600～700倍液，每穴灌对好的药液0.5千克，每亩两次用药1千克。