1、在喝柠檬水的同时不能吃胡萝卜，这很容易导致胡萝卜中的抗坏血酸酵酶破坏柠檬水的维生素成分，降低柠檬水的食用价值。如果牛奶和柠檬水同喝的话，又会导致柠檬水所含的果酸和牛奶蛋白质结合，在胃内形成凝固型物质，不利于身体的消化和吸收。
2、柠檬水本身含有大量的酸性物质，特别是柠檬酸含量相对较高。如果在空腹状态下饮用过多柠檬水，就容易刺激胃酸的过度分泌，从而对胃部造成伤害，长期如此甚至会导致胃溃疡的出现，特别是本身肠胃功能相对较差的人，更应避免喝柠檬水。
3、泡柠檬的水对温度要求比较高，如果使用刚烧开的水，就容易破坏柠檬中所含有的营养成分，同时还会破坏柠檬水的口感，不仅变得更酸，还有丝丝苦味难以下咽。通常情况下，泡柠檬的水维持在60℃就可以了。