1、塑料袋真空保存法：在塑料袋中放入装有生石灰的小麻袋，然后将去除杂质的黑枸杞放入塑料袋中，烤封塑料袋口，抽出袋空气，置阴凉处贮存。应用此法，需随时检查，防止漏气。另外，石灰不可过多，应视黑枸杞含水量和其他情况而定。
2、冷藏法：将黑枸杞置于冰箱或其他的冷藏设备中0~4℃保存，此法是简单、实用的一种贮藏方法。
3、霉变处理方法：将霉变的黑枸杞置于圆簸箕中，双手将结块者搓散，弃去严重变质者，喷淋适量白酒，湿润表面白斑处，双手搓除斑，反复多次，直至无斑。然后用微火焙干，并常用手轻搓翻动，使之散发水汽，出锅过筛，然后密封保存。