1、冻藏法，冻藏一般在东北地区使用加多，首先要在背风的地方挖一条深30cm、宽80厘米左右的沟。然后沿着沟挖两条深22厘米左右的通风道，通风道内可适当摆放一些秸秆，然后将香菜放在秸秆上准备冻藏。香菜在采收后要清洗掉香菜上的泥土，摘除黄叶，然后以一捆一斤的规格摆放在沟中。摆放完之后，在香菜上覆盖一层沙土与秸秆。随着温度降低，再覆盖两次左右的覆盖物。沟中的温度保持在5度左右，以香菜叶片冻结、根部不冻为宜，一般可以贮藏到第二年的春季。
2、窖藏法，香菜的窖藏又分为堆藏与隙藏，如果贮藏数量多的话要使用堆藏，相反数量少的话，则以隙藏为主。进行堆藏时，将香菜堆在里通风口较近的地方，既能通风，又能防止温度过高。然后在温度明显下降之后，再将香菜移到窖内，堆藏高度保持在28厘米左右。隙藏就是在白菜等蔬菜贮藏的缝隙中进行贮藏。贮藏白菜的温度一般在零度左右，并且白菜的含水量是比较多，所以非常适合香菜的贮藏。再进行窖藏时，要注意控制温度，温度不可超出5度。否则香菜叶片极易黄化腐烂。
3、风干保存，将几棵香菜束成一捆，在合适的地方用细绳固定。将将香菜挂起来，并放置在温暖而通风的地方进行风干。风干的过程要避免受到阳光直射。风干后将香菜保存在阴凉、干燥的地方。风干后的香菜可以保存至少半年的时间。