1、华佗晚年因遭曹操怀疑，下狱被拷问致死。
2、华佗死因之谜：
华佗以医术为业，心中常感懊悔（中国封建社会中医生属于“方技”，被视为“贱业”）。后来曹操亲自处理国事，得病（头风）沉重，让华佗专门为他治疗。
华佗说：“这病在短期之内很难治好，即便是长期治疗也只能延长寿命。”华佗因为离开家太久想回去，于是说：“收到一封家书，暂时回去一趟。”到家之后，就说妻子病了，多次请求延长假期而不返。
之后曹操三番五次写信让华佗回来，又下诏令郡县征发遣送，华佗自持有才能，厌恶为人役使以求食，仍然不上路。
曹操很生气，便派人去查看；如果他妻子真的病了，便赐小豆四千升，放宽假期期限；如果欺骗，就逮捕押送。
结果华佗撒谎，于是用传车把华佗递解交付许昌监狱，经审讯验实，华佗供认服罪（汉律：（1）欺君之罪；（2）不从征罪）。
荀彧向曹操求情说：“华佗的医术确实高明，关系着人的生命，应该包涵宽容他。”曹操说：“不用担忧，天下就没有这种无能鼠辈吗？”终于把华佗在狱中拷问致死。
华佗临死前，拿出一卷医书给狱吏，说：“这书可以用来救活人。”狱吏害怕触犯法律不敢接受，华佗只好忍痛，讨取火来把书烧掉了。
其中还有一个说法是：《三国演义》中曹操让曾经为周泰疗伤的名医华佗来给他治疗多年的头痛，但华佗认为曹操的病因需要劈开头颅，加以麻沸散麻醉，动大手术，多疑的曹操认为华佗想趁机杀害他，便以刺杀的罪行将华佗关押拷打致死。