1、秸秆堆沤就是利用一系列微生物对作物秸杆等有机物进行矿质化和腐殖化作用的过程。通过堆沤可使有机物质的碳氮比变窄，有机物质中的养分得到释放，同时可减少堆肥材料中的病菌、虫卵及杂草种子的传播。
2、选择田边地角取水方便处，人工挖低并做田埂，田埂要求与田岸一样平。
3、水稻秸秆一般每亩堆1堆，一堆秸秆量约500公斤，占地6～7平方米。
4、秸秆分层叠堆，每层高40厘米，浇足水分（用沼液更好），使秸秆含水量为60%～70%，撒施催腐菌剂。
5、每堆可叠4～5层，约一人高，呈圆桶状堆，需催腐菌剂12.5公斤。堆的顶部做成凹形，便于集中雨水。秸秆建堆结束后用薄膜覆盖（凹处打孔），保湿保温，过干可从堆顶浇水。
6、一般堆置3～5天开始发酵，1个月后堆体进入高温发酵期，一般堆置2～3个月能基本腐熟，到下一茬作物播种时，充分腐熟的秸秆做有机肥可还田利用，还能减少化肥施入量。