1、词语概念不同。直系军阀是民国军阀中北洋军阀派系之一，直系军阀领袖大多出身直隶省，在许多政治理念上存在共鸣，故称为“直系”；嫡系，一是指家族的正支嫡长系血脉。二是指正宗亲授门生弟子。例如张大千和汪亚尘二位大师亲授的女弟子汪德祖女史等。三是指任用的亲信派系。
2、对象不同。直系一般都是指军队的首脑人物；嫡系是政治集团的各派系中由首脑人物直接控制的派系。
3、在血缘关系方面不同。直系血亲是指有直系关系的亲属，从自身往上数的亲生父母、祖父母（外祖父母）等均为长辈直系血亲。从自身往下数的亲生子女、孙子女、外孙子女均为晚辈直系血亲，是直系后裔；嫡系也属于直系，在一夫多妻制下存在，一般指正妻所生的一支。周朝时有嫡长子继承制。