1、有无细胞核膜：原核细胞细胞核无核膜，真核细胞细胞核有核膜。
2、细胞大小不同：细胞大小较小（1-10微米）较大（10-100微米）
3、细胞壁成分不同：原核细胞细菌：糖类和蛋白质；真核细胞植物细胞：纤维素和果胶。
4、细胞器不同：原核细胞仅有核糖体一种细胞器；真核细胞有核糖体、线粒体、内质网等多种细胞器。
5、细胞核不同：原核细胞拟核（无核膜、核仁），无成形的细胞核，无染色体胞核；真核细胞有核膜、核仁，有成形的细胞核，有染色体有染色体。
6、分裂方式不同：原核细胞二分裂无丝分裂；真核细胞细有丝分裂和减数分裂。