1、益生菌怕杀菌消毒制剂：益生菌不宜和具有杀菌消毒活性的制剂同时服用，不能与抗菌药物合用。因为益生菌中的活菌容易被抗菌药物杀死，完全起不了效果。如果病情需要同时服用抗菌药物和益生菌，建议两药服用时间间隔2小时以上。
2、益生菌怕酒精：酒精是一种常用的杀菌消毒剂，酊剂中的酒精含量较高，也不宜和益生菌同时服用。酊剂指的是把生药浸在酒精里或把化学药物溶解在酒精里而成的药剂，如颠茄酊、橙皮酊、碘酊等。
3、益生菌怕热：作为活菌且又在人体内存活，益生菌的最佳生长温度和人类肠道正常温度相近，大约是37℃。因此益生菌制剂最好保存在阴凉干燥处，有些药物甚至需要冷藏。同时，送服或者冲兑益生菌制剂的水温，最好不要超过40℃，不然益生菌就被烫死了。
4、益生菌怕被抑制吸附：如果患者有胃炎或者腹泻的情况，医生很有可能会开具胶体果胶铋、鞣酸制剂、药用炭或者蒙脱石散等药物，但这些药物会对细菌的生长有抑制作用，或者会吸附细菌，然后直接带出体外，可影响益生菌制剂发挥疗效。因此，以上药物也不能和益生菌同时服用，应间隔服用。