1、基因突变的有害性和有利性:大多数基因的突变，对生物的生长与发育往往是有害的。可能会导致基因原有功能丧失；基因间及相关代谢过程的协调关系被破坏；性状变异、个体发育异常，生存竞争与生殖能力下降，甚至死亡――致死突变。突变的有害和有利性是相对的，在某些情况下，基因突变的有害与与有利性可以转化。如抗逆性突变是有利的，又如作物矮杆突变型在多风与高肥环境下是有利的。
2、基因突变的普遍性和稀有性:基因突变在生物界具有普遍性，无论是低等生物还是高等生物，都有可能发生基因突变。包括自然突变和人工诱变突变。但是在自然状态下，突变也是极为稀有的，野生型基因以极低的突变率发生突变。
3、基因突变的随机性和不定向性：（1）基因突变的随机性：部位上的随机。基因突变既可以发生在体细胞中，也可以发生在生殖细胞中，且前者一般不会传递给后代，而后者可通过生殖细胞传递给子代。此外基因突变既可以发生在同一DNA分子的不同部分，也可以发生在细胞内不同的DNA分子上。时间上的随机，基因突变可以发生在生物个体发育的任何阶段，甚至在趋于衰老的个体中也容易发生，如老年人易得皮肤癌等。（2）基因突变的不定向性：基因突变的不定向性指基因突变可以多方向发生，即基因内部多个突变部位分别改变后会产生多种等位基因形式。
4、基因突变的重复性和可逆性：（1）基因突变的重复性是指已经发生突变的基因，在某种条件下，还可能再次独立地发生突变而形成其另外一种新的等位基因形式。也就是说，任何一个基因位点的突变可能会以一定的频率反复发生。（2）基因突变的可逆性，基因突变的发生方向是可逆的。
5、基因突变的平行性：指亲缘关系相近的物种因为遗传基础比较接近，往往会发生相似的基因突变。