1、品种不同，艾蒿和水蒿虽然都属于菊科、蒿属的植物，但是两者品种不同，属于不同的两种植物。艾蒿又叫做艾、艾草等，生长周期较长，水蒿又叫做蒌蒿、柳叶蒿、驴蒿、藜蒿等，从清明节后，叶子逐渐变老，可以先从名字和生长周期上区别。
2、株型不同，艾蒿的主根明显，略粗长，直径可达1.5厘米，茎部高度约80-150厘米左右，茎部颜色为褐色或灰黄褐色。水蒿要比前者低矮一些，它的主干较细小，株高要低矮一些，高度大约60-150厘米左右，茎部刚开始的颜色为绿褐色，之后变为了紫红色。
3、叶子不同，从叶子方面也能分辨出不同，艾蒿的叶子要宽大一些，叶子表面颜色为灰绿色，叶子背面有白色的绒毛，叶面较为厚实，叶子边缘分布较小的锯齿。水蒿的叶子虽然小一点，但相对细长一些，颜色跟前者也有些区别，叶子正面的颜色有点泛白，分布着一层白色的绒毛，摸起来比较的光滑、柔软，叶子边缘分布较深的锯齿。
4、气味不同，艾蒿和水蒿都能散发味道，不过，艾蒿的味道较浓烈，会较辛辣、清凉，水蒿的气味偏清淡。