1、药物治疗
药物治疗又包括外用药、全身性药物等，前者较为常用的药物包括维A酸软膏、5-氟尿嘧啶软膏等，每日外涂两到三次左右即可。口服药物多以提高免疫力为主，包括皮多莫得口服液、脾氨肽冻干粉等，在使用药物时一定要用够足够疗程，以达到根除作用，避免复发。
2、物理治疗
物理治疗对于去除刺瘊子，可以说是最为快速的方法了，通常两到三周左右即可痊愈，物理治疗不仅见效快，且不容易留下疤痕，复发率也相对较低，对于刺瘊子数量较少的患者尤为适用。物理治疗的方式有很多，主要以冷冻、激光、电疗最常应用，当然，也要根据患者的实际情况来选择适合的治疗方式。
3、中医治疗
刺瘊子的发病与病毒感染存在一定关系，而中医对于刺瘊子的治疗原则，则主要以活血散结、清热解毒、以及提高免疫力为主，且根治效果较好，复发率低，其措施可包括药物外敷、针灸等，但中医治疗的周期会相对较长，一般可达两到三个月左右，甚至更久。