1、同的发放方式：mlf主要为质押借贷。它是指商业银行以国债、金融债、高级信用债等债券作为质押物，向中国人民银行借贷大笔资金。逆回购发放方式主要是人民银行向深圳证券交易所、上海证券交易所购买有价证券，并在一定时间后再卖给这些交易所。
2、不同的操作方式：mlf主要是通过交易所对外招标方式开展，招标对象主要有商业银行、货币基金、投资公司等。逆回购主要是人民银行把钱借给商业银行，商业银行以自家的优质债券作为质押物抵押给人民银行。
3、不同的时间周期：mlf的发放期比较长，一般在三个月到六个月不等。逆回购主要为短期行为，一般存在时间不超过七天。
4、不同的目的：mlf主要是为了降低中小企业融资成本，发挥政策利率作用，引导国家政策资金流向实体经济部门。逆回购主要是人民银行为了振兴证券市场而做出的一种投资行为，在股票低迷期，可以为股票市场带来信心，从而稳定整个金融秩序。