1、小麦全蚀病的防控，应以农业措施为基础，充分利用生化防控手段，切实保护无病区安全，科学管控感病区扩展蔓延。根据小麦全蚀病的发病规律和各地防病经验，要控制病害，必须做到保护无病区，封锁零星病区，采用综合防治措施，压低老病区病情。
2、农业防治
（1）禁止从病区引种，防止病害蔓延：对怀疑带病种子用51-54℃温水浸种10分钟或用有效成分0.15托布津药液浸种10分钟。病区要严格控制种子外调，新的轻病区及时采取扑灭性措施，消灭发病中心，对地块实行三年以上的禁种。水旱轮作，病菌易失去生活力。粪肥必须高温发酵后施用。要多施基肥，发挥有机肥的防病作用。选用农艺性状好的耐病良种。
（2）轮作倒茬：实行稻麦轮作或与棉花、烟草、蔬菜等经济作物轮作，也可改种大豆、油菜、马铃薯等，可明显降低发病
（3）种植耐病品种：如烟农15号、济南13号、济宁3号等。
（4）增施腐熟有机肥：提倡施用酵素菌沤制的堆肥，采用配方施肥技术，增加土壤根际微一态拮抗作用。
3、化学防治
提倡用种子重量0.2%的2%立克秀拌种，防效90%左右。严重地块用3%苯醚甲环唑悬浮种衣剂（华丹）80毫升，兑水100-150毫升，拌10-12.5千克麦种，晾干后即可播种也可贮藏再播种。小麦播种后20-30天，每亩使用15%三唑酮（粉锈宁）可湿性粉剂150-200克对水60升，顺垄喷洒，翌年返青期再喷一次，可有效控制小麦全蚀病为害，并可兼治小麦白粉病和小麦锈病。在小麦全蚀病、小麦根腐病、小麦纹枯病、小麦黑穗病与地下害虫混合发生的地区或田块，可选用40%甲基异柳磷乳油50毫升或50%辛硫磷乳油100毫升，加20%三唑酮（粉锈宁）乳油50毫升后，对水2-3千克，拌麦种50千克，拌后堆闷2-3小时，然后中。可有效防治上述病害，兼治地下害虫。小麦白粉病、小麦根腐病、地下害虫及田鼠混合发生的地区或田块，用75%的3911乳油150毫升，加20%三唑酮（粉锈宁）乳油20毫升，对水2-3千克，拌麦种50千克，可有效地防治小麦根腐病、小麦白粉病，兼治地下害虫。
提倡施用多得稀土纯营养剂，每亩用50克，对水20-30升于生长期或孕穗期开始喷洒，隔10-15天一次，连续喷2-3次。