1、结构不同。翡翠和水晶的主要区别在与结构的不同，水晶是一种比较珍贵的石英类的晶体矿物，它的主要成分是二氧化硅，看起来比较通透，而翡翠是以硬玉为主的辉石类矿物结合形成的晶石，它里面含有角闪石、长石、铬铁矿等物质。
2、生长不同。同时翡翠和水晶的生长条件也是大不相同的，相比来说水晶的形成条件要比普通的玉石更加苛刻，首先要有比较稳定的生长空间，还要有含有硅晶的矿物，而翡翠的形成比较简单，主要是经过地质里的岩浆冷却后风化所致。
3、价格不同。水晶和翡翠的价格是不能比的，一般来说水晶的价格普遍高于翡翠，它具有很高的观赏性和使用价值，一些罕见的水晶更是天价，长期将其戴在身上后还能带来好运，而翡翠是一种具有养生功效的玉石，常戴后能利于人体健康。