1、三年前，小行星撞地球，“闪光”包围了福罗里达州某海滩附近的灯塔，并形成了巨大的，彩色泡沫般的保护层。
2、三年以来，这一区域不断扩大，政府也派遣了一队又一队探险队深入禁区“区域X”一探究竟，却都是有去无回。唯一生还的是女主角莉娜（娜塔莉·波特曼 饰）的丈夫凯恩。
3、回归后的凯恩已身患绝症，多重器官衰竭，面临生命危险。身为生物学家的莉娜决定和其他4位女科学家一起，进入区域X，揭开丈夫患病的秘密。
4、在区域X中，他们目睹了人类、动物、植物在“闪光”作用下基因变异的奇景，成员也因为各种原因相继死亡。
5、最后，莉娜只身来到了海边的灯塔，并在其中见到了来自外星的能量团。莉娜的基因被能量团瞬间复制，一个外表、动作、思维、记忆完全同步的“复制人莉娜”产生。