1、尽管《使命召唤9：黑色行动2》故事描写的是2025年，但它将从1980年的冷战开始说起，主要讲《黑色行动2》中大反派劳尔·梅南德斯的身世。这个人在2025年挑起了中美之间的战争。在1980年的故事中，玩家将扮演亚历克斯·梅森（Alex Mason），《黑色行动》中的主角。其中大部分笔墨描写中美洲代理人战争。来自《黑色行动》的另一个角色富兰克·伍兹（Frank Woods）将回归《黑色行动2》，旁白叙述这段一直延续到2025年的故事。维克多·雷泽诺夫（ Viktor Reznov）的支线情节以及始于《世界战争》、兴于《黑色行动》的他和亚历克斯·梅森的关系将插续于《黑色行动2》。
2、贯穿《黑色行动2》故事始末，梅南德斯一直在利用未来科技扰乱原本就不稳定的地缘政治局势。在游戏后期的一项任务中，对手派出一无人战机编队对在洛杉矶市中心举行的G-20峰会展开攻击。中国人知道无人机不是美国派来的，当美国的无人机去袭击他们的国土时，他们的疑心愈重。
3、半个洛杉矶城身陷火海，任务伊始，大卫·梅森（David Mason）保护着女美国总统坐在运输车辆的后座。Treyarch想让《黑色行动2》中的未来看上去合理可信，所以放眼望去，更像是现今的洛杉矶，而绝非你在《第五元素》中见到的未来派都市景观。街道场景让迈克尔·贝的电影相形见绌，数十架战斗机、众多装甲车和数不清的步兵演绎出气势恢宏的大混战场面。梅森的车辆与多次爆炸擦肩而过，在开进城的路上翻了车，结果却发现是友军误撞。